十三翼之战与札木合决裂
铁木真与札木合原以兄弟相称，互相帮助。但当铁木真力量强大后，却引起札木合的嫉妒与怨恨。当札木合的弟弟因盗马被铁木真的部下杀死时，札木合便以此为借口，迅速纠集泰赤乌等13个部落，与铁木真率领的十三翼人马交战，两位“安答”从此决裂。这场“十三翼之战”是铁木真独立指挥的第一次战役。虽然这场战争以铁木真失败告终，但由于札木合残忍地烹杀俘虏，引起了部众不满。一些原与铁木真为敌的部落贵族纷纷投奔铁木真。十三翼之战中铁木真虽然战败，但力量反而强大起来。
翦除东部仇敌
塔塔儿部与乞颜部是世代为敌的部落，而泰赤乌部又与铁木真夙怨极深，故铁木真回复乞颜部地位后的首要任务是歼灭这两大仇敌。在克烈部的支持下，铁木真联合金朝共同消灭了塔塔儿部。这一胜利，不仅使他在蒙古部落中赢得了为父亲复仇的美誉，同时也得到了金国的封赏，提高了自己的政治地位。铁木真又消灭了泰赤乌部，把世仇全部除去。他消灭东部的两大敌对部落，不仅进一步增强了自己的威望，更使他获得了水草充足的呼伦贝尔草原，成为日后连年征战的重要资本，为统一蒙古草原奠定了坚实的经济基础。
灭中部克烈部
铁木真势力壮大与克烈部的支持是分不开的。但当铁木真力量进一步强大时，却引起克烈部首领脱里汗父子的恐惧。另外，铁木真也由于长子朮赤向脱里汗求婚被拒，感到十分不满。1203年，脱里汗父子在札木合的挑拨下，计划设宴杀害铁木真，但阴谋不慎败露，结果双方发生大战，铁木真战败退走，但他并没有气馁，整顿军马准备再战。其后，他得知克烈部内部分裂，便乘机运用诈降战术，派骑兵奔袭脱里汗大营，成功消灭克烈部。至此，除了西面的乃蛮部外，铁木真已大致扫灭了草原上的群雄，统一蒙古草原的时机亦已成熟。